Šv. Liudviko bažnyčia pastatyta 1524 m. Pirmoji medinė bažnyčia buvo vadinama Šv. Jono Krikštytojo, Panelės Marijos dangun ėmimo ir Šv. Mikalojaus vardais. Jai sudegus, 1818 m. šalia senosios bažnyčios iškilo mūriniai klasicizmo stiliaus maldos namai. Pagerbiant statybų iniciatorių kleboną Liudviką Kaminską, bažnyčia buvo pašventinta Šv. Liudviko vardu. Šiandien tai pati seniausia Alytaus bažnyčia, kurios varpinėje tebeskamba senasis XVII a. nulietas varpas. Bažnyčioje taip pat išlikęs ir XIX a. tapytas Šv. Liudviko paveikslas.